Niedługo po trzecim rozbiorze Polski na skutek zarządzenia zaborcy, że granice diecezji w przyłączonych do Prus terenach mają się pokrywać z granicami administracji państwowej, Papież Pius VI bullą "Saepe factum est" z dnia 16 marca 1799 roku erygował Diecezję Wigierską. W skład tejże diecezji weszło 90 parafii z Diecezji Wileńskiej, 44 parafie z Diecezji Łuckiej i 15 parafii z Diecezji Żmudzkiej. Łącznie w 149 parafiach było ponad 292 tysiące spowiadających się wiernych.


Po pokoju tylżyckim w 1807 roku, gdy do Rosji wcielony został tzw. obwód białostocki, z Diecezji Wigierskiej zostały wyłączone w całości lub częściowo następujące dekanaty: Białystok, Bielsk, Brańsk, Drohiczyn, Knyszyn i Sokółka, co obejmowało łącznie 53 parafie, 6 filii i 5 klasztorów. Stan wiernych diecezji zmniejszył się wówczas o ponad 130 tysięcy. W tych bardzo zmniejszonych granicach Diecezja Wigierska przetrwała do 1818 roku.

Na skutek zmian politycznych po Kongresie Wiedeńskim z terytorium Diecezji Wigierskiej Papież Pius VII bullą "Ex imposita Nobis" z 30 czerwca 1818 roku erygował Diecezję Sejneńską, której granice pokrywały się z granicami administracyjnymi województwa augustowskiego. Diecezja Sejneńska czyli Augustowska, od nazwy siedziby biskupiej w Sejnach i województwa augustowskiego, została utworzona z terytorium byłej Diecezji Wigierskiej oraz dołączonych trzech dekanatów z Diecezji Płockiej, a mianowicie: Łomży, Wąsosza i Wizny. W skład nowej diecezji wchodziło 120 parafii z 370 tysiącami wiernych.

Po pierwszej wojnie światowej, w wyniku prawnej regulacji granicy państwowej mocą traktatu pokojowego zawartego w Rydze 18 marca 1921 roku między Polską a ZSRR i Ukrainą Radziecką oraz decyzją konferencji ambasadorów z 15 marca 1923 roku, Diecezja Sejneńska czyli Augustowska utraciła na rzecz Litwy następujące dekanaty: Kalwarię, Mariampol, Wiłkowyszki, Władysławów i część dekanatu Sejny. Utracone terytorium obejmujące 55 parafii z 280 tysiącami wiernych zostało włączone do Diecezji w Wiłkowyszkach. Na terenie Polski z Diecezji Sejneńskiej czyli Augustowskiej pozostało 81 parafii z ponad 392 tysiącami wiernych.

Zaistniała sytuacja polityczna i administracyjna wymagała nowej reorganizacji kościelnej. Przygotowane kolejne projekty reorganizacji diecezji przewidywały utworzenie: najpierw diecezji "Łomżyńskiej", potem diecezji "Łomżyńsko-białostockiej", następnie "sejneńsko-łomżyńskiej". Ostatecznie Papież Pius XI Bullą cyrkumskrypcyjną "Vixdum Poloniae unitas" z 28 października 1925 roku erygował DIECEZJĘ ŁOMŻYŃSKĄ z terenów pozostałej w ówczesnych granicach polskich Diecezji Sejneńskiej czyli Augustowskiej, do której zostały dołączone trzy dekanaty z Diecezji Płockiej: Czyżew, Ostrołęka (bez parafii Goworowo) i Ostrów Mazow iecka. Nowo utworzona Diecezja Łomżyńska, która liczyła ponad 520 tysięcy wiernych została podzielona na 15 dekanatów: Augustów, Czyżew, Jedwabne, Kolno, Łomża, Ostrołęka, Ostrów Mazowiecka, Sejny, Sokoły, Suwałki, Szczuczyn, Śniadowo, Teolin, Wąsosz i Wysokie Mazowieckie. Obejmowała 129 parafii, w których pracowało 223 kapłanów.

Na mocy bulli "Vixdum Poloniae unitas" Diecezja Łomżyńska należała do Metropolii Wileńskiej. Pierwszym ordynariuszem Diecezji Łomżyńskiej był Biskup Romuald Jałbrzykowski, który w 1926 roku został mianowany Arcybiskupem Wileńskim.
Po drugiej wojnie światowej dekanat Teolin (oprócz trzech parafii: Lipsk, Mikaszówka i Rygałówka) znalazł się poza granicami Polski. Dopiero w 1991 roku parafie dekanatu teolińskiego znajdujące się za wschodnią granicą Polski zostały włączone do Diecezji Grodzieńskiej.

W końcu 1991 roku Diecezja Łomżyńska licząca ponad 630 tysięcy wiernych była podzielona na 20 dekanatów, które obejmowały 153 parafie i 7 samodzielnych ośrodków duszpasterskich (quasi parafii).

Diecezja Łomżyńska, poza niewielką korektą dotyczącą części dekanatu Teolińskiego dokonaną w 1991 roku, przetrwała do 25 marca 1992 roku, w granicach ustalonych w 1925 roku przy jej erygowaniu.


W związku z nowym podziałem administracyjnym Kościoła w Polsce, dokonanym przez Papieża Jana Pawła II Bullą "Totus Tuus Poloniae Populus", z terytorium Diecezji Łomżyńskiej została odłączona północna jej część obejmująca pięć dekanatów: Augustowski Najświętszego Serca Jezusowego, Augustowski Matki Boskiej Częstochowskiej, Suwalski św. Aleksandra, Suwalski św. Ap. Piotra i Pawła oraz Sejneński, a także trzy parafie z dekanatu Grajewskiego: Rajgród, Rydzewo i Pruska (Wólka Karwowska). Odłączona część Diecezji Łomżyńskiej weszła w skład nowo utworzonej Diecezji Ełckiej.

Mocą wyżej wymienionej Bulli do Diecezji Łomżyńskiej została przyłączona część Diecezji Płockiej obejmująca dekanaty: Różański, Wyszkowski (bez parafii Rybienko Leśne) oraz z dekanatu Chorzelskiego - parafie: Brodowe Łąki, Chorzele, Olszewka, Parciaki i Zaręby, a także z dekanatu Makowskiego-parafie: Gąsewo, Jaciążek, Krasnosielc, Płoniawy i Sypniewo oraz z dekanatu Przasnyskiego - parafie: Baranowo, Drążdżewo i Jednorożec.

Łącznie w czasie ostatniej zmiany granic od Diecezji Łomżyńskiej zostało odłączonych 38 parafii i 2 samodzielne ośrodki duszpasterskie z około 167 tysiącami wiernych i 74 kapłanami diecezjalnymi oraz 12 kapłanami zakonnymi; przyłączono zaś: 31 para fii z około 113 tysiącami wiernych i 57 kapłanami diecezjalnymi oraz 1 kapłanem zakonnym.

Po zmianach na podstawie Bulli “Totus tuus Poloniae Populus” Diecezja Łomżyńska licząca ponad 590 tysięcy wiernych była podzielona na 19 dekanatów obejmujących 164 parafie.

W celu usprawnienia współpracy kapłanów i ich owocniejszego wspólnego działania duszpasterskiego Biskup Łomżyński Stanisław Stefanek dokonał 11 stycznia 1998 roku nowego podziału Diecezji Łomżyńskiej na dekanaty. Aktualnie Diecezja licząca 576.069 wiernych i 178 placówek duszpasterskich jest podzielona na 24 dekanaty. W latach 2000-2003 powstało 5 nowych placówek duszpasterskich.